Godina 1963. uvijek će ostati u sjećanju Skopljana zbog katastrofalnog potresa koji je zadesio grad. U tom je potresu stradala i stara katedrala, koja se nalazila u središtu grada. Na njezinu je mjestu danas sagrađena „Spomen-kuća Majke Terezije“. U to je vrijeme katedrala bila jedina katolička crkva u Skopju. Katolička je zajednica grada Skopja u potresu, osim materijalne, pretrpjela još i veću duhovnu štetu, jer je ostala bez dostojnoga liturgijskog prostora. Tadašnji biskup mons. Joakim Herbut odmah je nakon potresa pokrenuo izradu projekta nove katedrale. U međuvremenu se na Bit-pazaru postavljaju tri barake: jedna služi kao crkva, druga kao dvorane za vjeronauk, a treća kao župni dom. Barake su trebale poslužiti samo kao privremeno rješenje. No kako se gradnja katedrale otegnula, sve su se crkvene aktivnosti odvijale na toj lokaciji sve do 1982. godine.
Projekt nove katedrale izradila su dva arhitekta: Slavko Đurić i Blagoja Micevski, a gradnja je katedrale započela 1975. godine i trajala je 7 godina, do 1982. Biskupski voditelj gradnje bio je mons. Antun Cirimotić.
Glavna je zamisao vanjskog izgleda katedrale starozavjetna slika šatora u kojem prebiva Jahve. Katedrala je sagrađena u modernističkom stilu.
Kada se katedrala gleda izvana, najdojmljiviji je dio krovna konstrukcija koja se križno siječe i tako tvori oblik latinskog križa, a zatim se spušta prema dolje i tako dočarava sliku šatora.
Središnji luster iznad oltara izradile su časne sestre svetoga Križa iz Đakova u Hrvatskoj. Glavna je misao vodilja u izradi bila: Krist kao svjetlo, središte i smisao svega! Časne su sestre tu sliku nastojale pretočiti u stvarnost trima krugovima, od kojih je gornji najveći, a donji najmanji i ujedno najbliži oltaru, čime se pokazuje da je Krist prisutan u kruhu i vinu na oltaru, središte i smisao našega života.
Orgulje su mehaničke, izrađene u prosincu 2008. godine, i prve su i jedine orgulje u Makedoniji. Izrađene su u Biskupijskoj radionici u Mariboru (Slovenija) i imaju ova obilježja: dva manuala; 26-28 registara; visinu svirala od 15 cm do 5 m; ukupnu težinu od 6 tona.
U katedrali se nalazi kip Presvetog Srca Isusova, djelo tirolske škole. Taj se kip nalazio u prvoj katedrali, koja je stradala u potresu 1963. godine, i ima značajnu povijest jer se pred njim kao djevojčica molila sveta Majka Terezija. Prigodom svojega pohoda Skopju kao Misionarka ljubavi, nakon molitve pred kipom, rekla je: „Ovdje je sve počelo“.
Središnji dio katedrale Presvetog Srca Isusova, lađa, odvojen je od transepta s 12 aluminijskih vrata u dvije skupine po 6, s ispunom od 12 staklenih ploha oblikovanih likovima dvanaestorice apostola. Plohe su ručno izrađene u tehnici fuzioniranog (taljenog) stakla, svaka od njih u prirodnoj veličini. Prozirne su, ali s koloritnom pozadinom i naglašenom teksturom sjena, sa svojim osobitim značajkama i istaknutim simbolima njihova zemaljskog poslanja.
Tu su, duhovno snažno prisutni u prostoru, svjedoci svakog pohoda katedrali, svake mise i svakoga velikog blagdana kada se vrata katedrale otvaraju vjernicima. Ponosni smo što su bili svjedoci i susreta pape Franje s vjernicima u katedrali za vrijeme njegova povijesnog pohoda Skopju 7. svibnja 2019. godine. Apostoli su djelo studija „Vitrum“ (Art glass) iz Skopja.
U jesen 2018. god. skopski biskup i strumičko-skopski eparh mons. dr. Kiro Stojanov obnovio je katedralu. Povijesni je događaj za našu državu i za Crkvu u Makedoniji bio i apostolski pohod Svetoga Oca pape Franje 7. svibnja 2019. godine. Tom se prigodom papa Franjo u našoj katedrali susreo s Bogu posvećenim osobama, a u dvorištu katedrale održan je ekumenski i međureligijski susret s mladima.
